Утром 9 декабря 2008 года в Кафедральном Соборном Храме Христа Спасителя в Москве в сонме архиереев Русской Православной и Поместных Православных Церквей были совершены заупокойная Божественная литургия и отпевание Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Литургию возглавил Местоблюститель Патриаршего престола Митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, а отпевание — Святейший Патриарх Константинопольский Варфоломей I.

Дабы проводить в последний путь Предстоятеля Русской Православной Церкви в Россию прибыли главы Поместных Православных Церквей: Патриарх Константинопольский Варфоломей I, Католикос-Патриарх всея Грузии Илия II, Патриарх Румынский Даниил, Архиепископ Афинский и всей Эллады Иероним, Архиепископ Тиранский и всей Албании Анастасий, Митрополит Чешских земель и Словакии Христофор. За богослужением также молились представители Александрийской, Антиохийской, Иерусалимской, Сербской, Болгарской, Кипрской, Польской Православных Церквей, Православной Церкви в Америке.

Его Высокопреосвященство Высокопреосвященнейший Митрополит Минский и Слуцкий Филарет, Патриарший Экзарх всея Беларуси в сонме архиереев РПЦ сослужил Патриаршему Местоблюстителю Митрополиту Кириллу на заупокойной литургии в Храме Христа Спасителя. Патриарший Экзарх возложил венок от лица Белорусской Православной Церкви ко гробу Его Святейшества и, молитвенно преклонив колено, простился с почившим Патриархом.

Свою скорбь о кончине Предстоятеля Русской Православной Церкви засвидетельствовали на похоронах представители различных религиозных конфессий: Римско-Католической церкви, Армянской апостольской церкви, Церкви Англии, Евангелической церкви в Германии, Евангелическо-Лютеранской церкви Финляндии, Сиро-Маланкарской церкви Индии, Церкви Норвегии, представители мусульманства, буддизма.

На Литургии и отпевании присутствовали Президенты России, Беларуси, Молдавии, Сербии, Армении.

 За богослужением молились государственные и общественные деятели, послы иностранных государств. Самый большой храм Москвы не смог вместить все множество богомольцев, немало их осталось стоять вокруг Храма Христа Спасителя.

В завершении отпевания, которое согласно воле Святейшего Патриарха совершилось по иерейскому чину, Местоблюститель Патриаршего престола Митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл прочитал разрешительную молитву и вложил ее в руку новопреставленного Патриарха Алексия II. Затем с последним поклоном ко гробу подошли архиереи и клирики Православных Церквей, государственные и религиозные деятели, миряне.

По богослужении гроб с телом почившего Святейшего Патриарха Алексия II крестным ходом был обнесен вокруг Храма Христа Спасителя. Затем траурный кортеж доставил гроб в Богоявленский кафедральный собор в Елохове. На улицах Москвы почившего Предстоятеля Русской Православной Церкви в последний путь провожали тысячи верующих.

В Богоявленском соборе Местоблюститель Патриаршего престола Митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл возглавил последнюю заупокойную литию у гроба новопреставленного Патриарха, который был установлен на кафедре в центре храма. За богослужением молились иерархи Русской Православной Церкви, представители Поместных Православных Церквей.

По окончании литии тело Первосвятителя Русской Православной Церкви было погребено в приделе Благовещения Пресвятой Богородицы Елоховского собора, согласно воле самого Первоиерарха. В этом соборе Святейший Владыка много лет совершал свое архиерейское служение. Здесь же похоронен и один из его предшественников — Патриарх Сергий (Страгородский), особо почитаемый Предстоятелем.

Для тех, кто не имел возможности присутствовать на службе, российскими телекомпаниями была организована прямая трансляция из кафедрального соборного Храма Христа Спасителя. Также велась интернет-трансляция богослужения.