В 1612 году на источнике близ имения Крупны под Минском была явлена чудотворная икона Божией Матери, полу­чившая название Крупецкой. Позже образ был поставлен в деревянной однокупольной часовне, возведенной на месте его явления. Часовню построили монахи из братии Виленского Свято-Духова монастыря, прибывшие в Минск по благословению настоятеля своей обители — архимандрита Леонтия (Карповича; впоследствии прославлен как исповедник) для обустройства православной иноческой жизни в условиях униатской экспансии.

В 1818 году на пожертвования православных минчан икона была облачена в серебряную ризу. На Главы Пресвятой Богородицы и Предвечного Младенца были возложены серебряные венцы. Два года спустя взамен часовни XVII века, которая на тот момент обветшала, строится новая часовня.

Храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы был возведен в 1856­1857 годах по инициативе минского губернатора Федота Шкляревича. Средства на его строительство поступали в том числе и из Москвы.

С 1884 года по благословению епископа Минского Варлаама начинают совершаться праздничные крестные ходы с Крупецкой иконой Божией Матери. В день Покрова икона износилась из Свято-Покровского храма и торжественно устанавливалась в храме при резиденции Минских архиереев. На праздник святителя Николая Чудотворца (19 мая по н. ст.) чудотворный образ вновь переносился в Крупцы.

В 1924 году власти запретили богослужения в Свято-Покровском храме.

Крупецкая икона Божией Матери в 1925 году находилась в Минской Свято-Екатерининской церкви. Затем обновленцы, захватившие Свято-Петро-Павловский кафедральный собор, потребовали передачи иконы себе. С 1927 года икона находилась в Свято-Петро-Павловском соборе до его уничтожения в 1936 году, после чего бесследно пропала.

В 1936 году храмовое здание в Крупцах было разрушено.

К концу XX века бывшее имение Крупцы вошло в черту Минска. Возрождение церковной жизни в этих местах было ознаменовано установкой и освящением поклонного креста на местночтимом источнике в 1992 году. Тогда же было зарегистрировано братство в честь святого Архистратига Михаила, выдвинувшее инициативу создания прихода Покрова Пресвятой Богородицы (ранее Свято-Покровский храм в Крупцах был приписным). Регистрация прихода состоялась в 1993 году. По благословению Патриаршего Экзарха всея Беларуси Митрополита Минского и Слуцкого Филарета по воскресеньям на крупецком источнике стали совершаться водосвятные молебны.

20 марта 1994 года в Покровском приходе была совершена первая Литургия.

В течение года был возведен малый храм Крупецкой иконы Божией Матери. 18 июля 1995 года в храме было совершено первое богослужение.

22 июля 1995 года приход посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, освятивший поклонный крест на источнике и камень с памятной доской близ места закладки будущего Свято-Покровского храма. Сама закладка состоялась осенью 1997 года.

На Светлой седмице 1998 года Митрополит Минский и Слуцкий Филарет освятил малый храм в честь Крупецкой иконы. Сюда из Спасо-Преображенского храма г.п. Раков был принесен список Крупецкого образа Божией Матери, выполненный в XIX веке.

В 2000 году был заложен административный корпус храмового комплекса. В следующем году на строящийся Свято-Покровский храм устанавливается купол и воздвигается крест. В 2001-2004 годах была возведена колокольня.

В 2002 году была заложена памятная грамота на месте будущего престола крестильного храма в честь Архистратига Михаила.

В 2005 году был освящен криптовый храм в честь Собора новомучеников и исповедников Белорусских.

К концу 2006 года при содействии городской администрации были завершены работы по благоустройству территории вокруг храма.